分子蒸餾系統是一種較新的分離技術，它利用分子在高真空條件下的平均自由程差，在遠低于沸點的溫度下分離液-液混合物。

　　當液體混合物沿著加熱板流動并被加熱時，輕分子和重分子將離開液體表面并進入汽相。輕分子和重分子在氣相中的平均自由程不同，所以它們的移動距離也不同。假設我們在適當的位置放置冷凝板，輕分子可以到達冷凝板并被冷凝，然后沿著冷凝板排出;而重分子不會到達加熱板并沿加熱板排出。從而達到了分離的目的。

　　分子蒸餾較傳統蒸餾具有明顯的技術及經濟優勢：

　　1 、 產品質量高。由于分子蒸餾操作溫度低、受熱時間短，可以獲得純度高而且原有品質保持好的產品，對于天然物質尤其重要。

　　2 、 產品成本低。由于分子蒸餾的分離效率高、產品得率高，從而可大大降低生產成本。

　　分子蒸餾技術的應用特點：

　　一，可有效地脫除熱敏性物質中輕分子物質

　　(1)產品物質的脫臭，姜油的脫臭。

　　(2)產品物質的脫溶，辣椒紅色素的脫溶。

　　(3)產品物質中脫單體，酚醛樹脂中單體酚的脫除。

　　二，脫除產品中重物質及顏色

　　精細化學品中常常有一些重分子物質、甚至金屬離子等難以分離，分子蒸餾為此提供了有效方法。

　　其它如芥酸、亞油酸、亞麻酸、二聚酸、芥酸酰胺、硬脂酸單甘酯、高碳醇的精制及脫色，也需要采用分子蒸餾技術。

　　三，降低熱敏性物質熱損傷

　　魚油乙酯脫色及濃縮。

　　不僅產品得率高，而且產品品質好，絕大多數的天然或合成香精香料都屬于熱敏性物質，均適合采用分子蒸餾技術提純。

　　四，改進傳統工藝，進行清潔生產

　　魚油甘三酯精制。

　　省去了傳統工藝中堿煉法脫酸， 不但避免了皂化液對環境的污染， 變廢為寶， 而且提高了主產品質量。

　　其它類似產品有小麥胚芽油、米糠油、椰子油、大豆油脫酸等。

　　廢潤滑油回收。

　　傳統工藝除去重雜質的方法為硫酸法，該方法對環境污染很大，發達國家均已經禁止，而采用分子蒸餾技術則可防止污染，變廢為寶。

　　五，優化產品的合成工藝，提高產品的質量

　　烷基多苷精制。

　　烷基多苷合成工藝中，脂肪醇過量有利于合成反應，但又直接影響產品純度，采用分子蒸餾可有效脫醇，使合成工藝中脂肪醇的使用可根據工藝需要而定，提高了產品收率和質量。